zipより圧縮率が高く、よくお世話になる圧縮形式が7zipです。
標準ではGUI版になりますが、コマンドラインで扱えるアプリケーションも利用できます。
それは知っていたのですが、どこからダウンロードするのだとネットをさまよっていましたが、公式サイトからダウンロードできます。
いくつも使い方はありますが、考えられるケースとしては一連のバッチ処理の結果を7zip圧縮してアップロードするという形かと思います。
7za a (圧縮後のファイル名) (圧縮するファイルもしくはフォルダ)
小技としては圧縮ファイル名の拡張子を.zipにすればzip形式の圧縮も可能です。
細かいことは、7za単体を実行すればヘルプが表示されます。